1、建国前档案：主要有1个全宗86件，包括南通地区水利工程方面的江岸潮灾报告书，沿江形势图、护岸工程计划等，其中有张詧聘请荷兰水利工程师特来克来南通治水的聘书等珍品。

2、现行机关档案：这部分档案共有20064卷、11989件主要门类有文书档案、科技档案、专门档案；其中专门档案包括婚姻、统计、会计档案等。

3、馆藏资料：目前共有馆藏资料1811册，主要内容是政治、经济、文化、科学和综合性等方面的图书资料。这些资料为丰富馆藏内容起到一定的补充作用。